يساعد خل الزعتر على علاج السعال الديكي والألتهابات الشعبيه ، والربو، والبلغم . كما يساعد على تسهيل خروج المخاط الشعبي فيهدئ الشعب الهوائية ويلطفها .حيث يشرب منه خل الزعتر ويستخدم زيته أيضا في دهن الصدر قبل النوم .يعتبر خل الزعتر مسكن للألم ومطهر ومنشط للدورة الدمويةيعالج خل الزعتر إلتهابات المسالك البولية والمثانة ويشفي من مرض المغص الكلوي ويخفض الكوليسترول . يساعد خل الزعتر على طرد الغازات من المعدة ومنع التخمر كما يساعد على الهضم وامتصاص المواد الغذائية .طارد للفطريات والطفيليات مثل الأمبيا المسببه للدوسنتاريا ،وقاتل للميكروبات نظرا لإحتوائه على مادة الكارفكرول .يعتبر خل الزعتر قابض حيث يعالج حالات الإسهال .ويفضل أن يؤخذ الزعتر مع زيت الزيتون .يساعد خل الزعتر على تنشيط جلد الراس ومنع التساقط وتكثيفه . يعالج خل الزعتر إلتهابات الحلق والحنجرة والقصبه الهوائية .يساعد الجسم على التعرق في حالات الحرارة والأمراض .يستعمل في حالات الصدفية ، الأكزيما، معالجة الحروق الجلدية ، ويعتبر طارد للبعوض عن الجلد.يستعمل في علاج مرضى السكرى .ينشط النظر ويمنع جفاف العين وإصابتها بالمياه الزرقاء.يعمل على تنقيه الدم عند شرب خل الزعتر مع العسل على الريق يوميا.مفيد في تفتيت حصوات الكلى.